Подрядчик просит отдельно оплатить проект, смету и документы перед ремонтом.

В Вашей ситуации нормальная практика смешана с возможным навязыванием. Проект перед ремонтом частного дома действительно может быть нужен. Например, когда меняют планировку, инженерные системы, несущие элементы, кровлю, фасад, полы, мокрые зоны.
Без проекта сложно посчитать смету и закрепить, что именно будет делать подрядчик. Но если это обычный ремонт без сложных решений, проект в большом объеме может быть избыточным.
Для индивидуального жилого дома подготовка проектной документации по градостроительным правилам во многих случаях не обязательна, но заказчик может заказать ее по своей инициативе. Смета это полезный документ. Без нее потом легко получить спор: заказчик думал одно, подрядчик посчитал другое.
Исполнительная документация это уже другое дело.
Она обычно появляется во время работ, а не как отдельный предварительный барьер перед подписанием договора на ремонт.
Попросите разделить документы на три группы: что обязательно для старта, что нужно для точной цены, что оформляется по факту выполнения работ. Так сразу станет видно, где подготовка, а где продажа дополнительных этапов.
Главный критерий простой: каждый оплаченный этап должен давать Вам самостоятельный результат.

Насторожиться стоит не из-за самого проекта или сметы, а из-за того, как это подают. Отдельный договор на проектирование это нормальная практика, когда ремонт сложный, есть перепланировка, инженерные сети, конструктив, фасад, кровля или большой объем работ.

Смета тоже может быть отдельной платной работой, потому что это не просто "прикинуть цену", а ведомость объемов, материалы, работы и порядок расчета. Но заказчику это должны объяснить до оплаты проекта.
До заключения договора исполнитель обязан дать понятную информацию о работе, ее видах, особенностях, цене и порядке оплаты. Для бытового подряда это базовая обязанность подрядчика перед заказчиком.
Нормальная схема выглядит так: сначала обследование и техническое задание, потом проект, потом смета, потом договор на работы с объемами, сроками, ценой, этапами, гарантиями и порядком приемки.

Плохой признак когда после каждого оплаченного этапа внезапно появляется новый обязательный платеж, о котором заранее не говорили. Исполнительная документация до начала ремонта обычно не "покупается вперед".

Она ведется по ходу работ: акты скрытых работ, схемы, журналы, фотофиксация, документы на материалы, акты приемки этапов.

Для частного ремонта нужен не весь промышленный комплект, а тот объем, который реально связан со скрытыми и ответственными работами.

Попросите у компании один общий перечень этапов: что уже оплачено, что еще потребуется, сколько стоит каждый этап, какой результат Вы получаете и можете ли с этим проектом уйти к другому подрядчику. Если на эти вопросы отвечают уклончиво, это уже риск.