Подскажите, пожалуйста, уже не знаю у кого спросить про бетонную стяжку

Коротко: не паникуйте, катастрофы нет. Но есть нюансы, которые стоит проверить.

По нагрузке:
Бетон М200 весит примерно 2,4 тонны на куб. Ваша стяжка в самом толстом месте (12 см) даёт около 290 кг на квадрат. Плюс керамогранит с клеем ещё 25-30 кг. Итого ~320 кг/м².

Стандартная ж/б плита перекрытия в многоквартирном доме рассчитана на 350-400 кг/м² с запасом. То есть даже в зоне 12 см вы не выходите за пределы нормы. Плюс нагрузка распределена не точечно, а равномерно, это важно.

Что реально стоит проверить:
Плотность Роквула. Уточните марку утеплителя. Для стяжки нужны плиты с прочностью на сжатие от 20 кПа (например, Rockwool ФЛОР БАТТС или аналог). Если положили мягкие плиты для стен, со временем возможно проседание и трещины на плитке.

Армирование. Была ли сетка в стяжке? При перепадах толщины от 3 до 12 см риск усадочных трещин растёт. Сетка или фибра снимают эту проблему.

Деформационный шов. По периметру стен и вокруг труб должен быть демпфер (кромочная лента). Если его нет, то стяжка может «порвать» при температурных расширениях.

По керамограниту клеить можно, но:
Обработайте поверхность грунтом глубокого проникновения (бетон + Роквул = разная впитываемость).
Используйте эластичный клей для сложных оснований (с маркировкой «для тёплых полов» или «для деформируемых оснований», он компенсирует микроподвижки).

Не экономьте на затирке: цементная + латекс или эпоксид, если хотите надёжно.

Если есть сомнения, вызовите независимого технолога или прораба с опытом, пусть посмотрит «вживую». Иногда фото или описание не передают всей картины. Но по цифрам: вы в пределах допустимого, страх обоснован, но оснований для демонтажа нет.

Сделайте всё по технологии на этапе укладки плитки и пол прослужит долго.

Перепад толщины с 3 до 12 см, это скорее вопрос качества подготовки основания, чем безопасности. Главное, чтобы стяжка уже набрала прочность (минимум 21 день с момента заливки) и не имела трещин. Простучите её: глухой звук или «бухтение», признак отслоения и это уже проблема.
Если всё ещё переживаете за нагрузку, как альтернативу рассмотрите кварц-виниловую плитку или керамогранит уменьшенной толщины (8 мм вместо стандартных 10-12). Но по факту, по нагрузке вы в пределах, можно смело класть плитку при условии соблюдения технологии.

Главная проблема у вас не в керамограните, а в том, что часть пола приняла постоянную нагрузку от тяжелого слоя стяжки.

При расходе смеси КРЕПС М200 слой толщиной 12 см дает примерно 200 кг на 1 м2 только по стяжке, без плитки, клея, мебели и кухонного оборудования. Для этого материала производитель указывает максимальную толщину слоя 50 мм.

В жилых помещениях расчетная логика по нагрузкам не сводится к фразе "плита выдержит": эксплуатационная нагрузка и постоянная нагрузка от пола это разные вещи.

Самое правильное действие сейчас не спорить с рабочими, а уточнить несущую способность плит перекрытия и посчитать дополнительную постоянную нагрузку от стяжки. Отдельно надо проверить, что за плиты Роквул положены под стяжку. Не вся каменная вата подходит под мокрую плавающую стяжку.

У Роквул есть плиты для плавающих полов, но у них тоже есть пределы применения по нагрузке и конструкции пола. Для плавающей стяжки по звукоизоляционному слою важны разделительный слой, армирование, толщина, швы и отсутствие жестких примыканий к стенам.

На мой взгляд, плитку на кухне пока лучше не начинать. Сначала расчет и проверка пирога пола.